Ninja Gaiden 3 sigter mod at tage spillerne med på en rejse med deres helt Hayabusa igen, men denne gang vil de se mere fra deres hovedperson, end de nogensinde havde forestillet sig. For første gang får vi et kig på verden gennem Hayabusas øjne og finder ud af, hvad der får ham til at kæmpe og dræbe.
I centrum af konflikten er denne gang en maskeret mand, hvis motivationer og mål er uklare. Gennem mystiske kræfter ændrer han Hayabusa - og linjen mellem helt og skurk, godt og ondt, er sløret for evigt.
Med en ny historie, nyt gameplay og nye tilstande markerer Ninja Gaiden 3 en ny retning i denne fan-favorit-franchise. Team NINJA vil ændre den måde, fans tænker på ninja og Hayabusa i dette spil, og lover at de ved, hvordan det føles at "skære nogen ned" gennem deres oplevelser i spillet.
Spillet indeholder også online multiplayer, både co-op og konkurrencedygtigt, der vil tilføje Ninja Gaiden en helt ny oplevelse. Ninja's skyggefulde verden er aldrig blevet præsenteret på denne måde, og Ninja Gaiden vil aldrig være den samme! Saml Dragon Sword igen, skærp bladet og finpudse dine evner. Et eventyr, der ikke ligner noget andet, venter på dig ...
