Historien starter den 6. februar 2036, da en ulykke, hvor computere gik amok, ødelægger mange store byer rundt om i verden. Den massive katastrofe hedder "2036-problemet", men der er en forudsigelse om, at der vil være en lignende hændelse i 2038. Så en gruppe videnskabsmænd bruger Gaia Supercomputer til at skabe en "Earth Simulator" for at forhindre det i at ske, men mislykkes, fordi menneskets fødselspotentiale er faldet dramatisk.
Forskerne introducerer derefter "Arecibo Message"-formlen til Earth Simulator, der med succes bringer menneskeheden ind i en anden verden. De er først begejstrede, indtil de indser, at mennesker i Earth Simulator selv har skabt en anden Earth Simulator. Forskerne begynder at mistænke, at de faktisk kun er et produkt af en Earth Simulator fra skabninger, hvis position er over dem.
Historien er centreret omkring Takaoka Pollon, en hacker, der har evnen til at "Save and Load" som i et videospil. Ved at bruge sit Hacking Trigger System kan han gribe ind i verdenslinjen omkring ham.
