Far Cry 3 går spillerne i fodsporene af Jason Brody, en mand alene på kanten af verden, standet på en mystisk tropeø afskåret fra civilisationen. I dette brutale paradis, hvor lovløshed og vold er den eneste sikre vej, vil spillerne diktere, hvorfor, hvor og hvordan begivenhederne i spillet udfolder sig.
